Senior Python Developer (Bioinformatics)

Международный проект. Китай. Россия.

Важный аспект: нам нужен не просто разработчик. Нам нужен ключевой Python-разработчик для создания сложного биоинформатического пайплайна.

О проекте:
Проект заключается в реализации кастомной статистической модели (на основе теоремы Байеса), которая интегрирует результаты работы существующих ML-инструментов (Clair3, ClairS-TO) для высокоточного анализа геномных данных.
Это не стандартная веб-разработка. Это глубокая инженерная работа на стыке программирования, статистики и биоинформатики. Кандидат будет напрямую работать с математическими формулами и специфическими геномными форматами данных.
Ключевые задачи специалиста:

• Реализация статистической модели: Взять математическое описание модели из ТЗ и корректно и эффективно реализовать его на Python.
• Работа с геномными данными: Написать надежные парсеры для форматов VCF, BAM и других (используя pysam и другие профильные библиотеки), а также реализовать логику обработки геномных интервалов.
• Разработка Python-модулей: Создать чистый, модульный и тестируемый код, который будет ядром всего пайплайна.
• Валидация и тестирование: Написать юнит- и интеграционные тесты. Провести самостоятельную валидацию модели по заданным метрикам (Precision/Recall).

Взаимодействие в команде:
Вы будете тесно сотрудничать с DevOps-инженером, который отвечает за создание окружения (Docker/Conda), настройку CI/CD и запуск внешних инструментов. Ваша задача — предоставить ему готовые Python-модули, а не заниматься оркестрацией.
Вы будете работать под руководством Project Manager'а и напрямую общаться с экспертом-биоинформатиком со стороны заказчика для уточнения деталей модели.

Обязательные требования (Must-have):

• Опыт коммерческой разработки на Python от 5 лет.
• Практический опыт в биоинформатике от 2-х лет: Вы должны понимать, что такое VCF, BAM, FASTQ, и иметь опыт работы с ними. Опыт с библиотекой pysam практически обязателен.
• Умение читать и реализовывать математические формулы: Вы должны комфортно себя чувствовать, превращая статистические модели в работающий код.
• Английский язык на уровне Upper-Intermediate (B2) и выше: Вы должны быть способны уверенно обсуждать сложные технические и научные детали с заказчиком устно и письменно.
• Сильные инженерные навыки (чистый код, тесты, Git).

Желательные требования (Nice-to-have):

• Образование в области биоинформатики, компьютерных наук, прикладной математики или смежных дисциплин.
• Опыт работы с менеджерами воркфлоу, такими как Snakemake или Nextflow.

Кого мы точно НЕ ищем:
Мы не ищем ML-инженера для обучения нейросетей.
Мы не ищем Python-инженера без опыта в наукоемких проектах или биоинформатике.

Как будем проверять:
Техническое собеседование будет сфокусировано на вашем опыте в биоинформатике. Мы обсудим ваши прошлые проекты. Затем мы покажем вам упрощенную версию формулы из нашего ТЗ и попросим вас рассказать, как бы вы подошли к ее реализации на Python, какие "подводные камни" вы видите при работе с VCF-файлами в этой задаче, и какие вопросы задали бы эксперту-биоинформатику

Что можем предложить:

• Высокое и очень высокое вознаграждение.
• Изначально это проектная занятость, с возможностью продления контакта и заключения ТД с российским ЮЛ.
• Длительность проекта: ~3 месяца.
• Формат работы: Удаленный.
• Участие в уникальном проекте.
• Международная команда, единственная в своем роде.

Заказчик: Китай. Рабочий язык: английский.