Биоинформатик (middle)

Основные задачи связаны с генетикой диабета первого типа и его развитием, анализом аутоиммунных процессов и поиском триггеров заболевания. Данные WGS, scRNAseq, TCRseq, BCRseq (в том числе scTCRseq и scBCRseq). При наличии желания (и оставшихся ресурсов после основных задач) возможен рост в какой-либо из других проектов лаборатории, связанных с scRNA-seq (в том числе и опухолей) и ST, WES опухолей, написанием пайплайнов и прочих.

Обязанности:

• Анализ NGS данных. Генетика (WGS/WES, ампликоны), соматический WES, также данные scRNA-seq, scTCR-seq и bulkTCRseq.
• Создание алгоритмов для анализа NGS данных и предсказательных моделей, их имплементация, имплементация алгоритмов и моделей, описанных в литературе
• Обзор научной литературы, поиск новых методов и инструментов для решений поставленных задач
• Участие в проектах по генетике и патогенезу диабета первого типа, проектах по диагностике орфанных заболеваний, диагностике и патогенезу опухолевых заболеваний
• Презентация результатов, написание статей.

Кого ожидаем увидеть:

• Выпускник специалитета/магистратуры (крутых учащихся специалитета 5-6 курс/магистратуры тоже готовы рассмотреть) в области биоинформатики или смежных областях (биология, биотехнология, биофизика etc.).
• Или биоинформатика с опытом работы 2+ года.

Ключевые навыки:

• Статистика, молекулярная биология, NGS, понимание алгоритмов, используемых для анализа NGS.
• Опыт работы с NGS помимо учебного. Опыт работы с геномными данными (WGS). Понимание аннотации вариантов (ACMG критерии), опыт работы с базами данных (dbSNP, ClinVar, OMIM, другие).
• Python (numpy, pandas, scipy, scikit-learn, seaborn, matplotlib, biopython, lightgbm/аналоги). Чистый код на python (pep8, flake). Версионирование (git).
• Базовый bash.
• Базовый Machine Learning.

Желательно:

• R.
• Опыт в анализе (sc)TCR и/или опыт в анализе scRNA-seq данных (seurat/scanpy).
• Snakemake, docker/singularity.
• Знание иммунологии, опыт работы с аутоиммунными заболеваниями и/или онкологическими заболеваниями.
• С чем большим числом NGS данных есть опыт, тем лучше.

Условия:

• Работа в ведущем техническом вузе страны, в городе Долгопрудный (Рядом со станцией Новодачная МЦД-1, или 15 минут от метро Физтех, Алтуфьево или Ховрино).
• Оформление в соответствии с ТК РФ, официальная заработная плата.
• Конкурентная заработная плата, которая обсуждается в зависимости от занятости в проекте.
• Возможности профессионального развития.
• Возможность бесплатного посещения бассейна и тренажерного зала.

В соответствии с ТК РФ, работники сферы образования обязаны предоставить справку о наличии (отсутствии) судимости и (или) факта уголовного преследования, срок изготовления которой может быть до 30 дней, просим заранее позаботиться о ее получении В соответствии с ТК РФ, работники сферы образования обязаны предоставить справку о наличии (отсутствии) судимости и (или) факта уголовного преследования, срок изготовления которой может быть до 30 дней, просим заранее позаботиться о ее получении (которую можно заказать бесплатно онлайн через портал ГосУслуги).